Como retador, Hamilton tenía derecho a elegir las armas traídas a Weehawken. Extrañamente, pertenecían a su cuñado John Barker Church y eran las mismas armas que su hijo usó y la Iglesia que Church usó en un duelo contra Burr en otra ocasión: la mayor lesión fue cuando Burr presionó un botón de su abrigo perdió. Las armas fabricadas en Londres eran un colorido asunto de barriles de latón y accesorios de oro. Sus balas extremadamente grandes de calibre .54 tenían poca precisión, como cualquier pistola de duelo debería hacer, pero eran extremadamente peligrosas en un espacio confinado.
A las siete de la mañana, Hamilton y Burr tomaron posiciones … pero antes de que comenzara el incendio, Hamilton pidió un retraso. «Basta», dijo. «Se necesitan anteojos en ciertas condiciones de iluminación». Burr cedió pacientemente. Y, como sus apologistas notaron más tarde, no había evidencia de que Hamilton tirara su disparo cuando parpadeaba en sus lentes y apuntaba a varios objetivos imaginarios, incluido posiblemente Burr. Los mismos apologistas también quieren señalar que Hamilton Burr no dijo que las armas tienen un gatillo para el cabello. Pero Pendleton rechaza cualquier sugerencia de intenciones disimuladas, quien recuerda haberle preguntado si debería poner el gatillo en el pelo, y Hamilton respondió: «No esta vez».
Después de que Hamilton estuvo satisfecho con su visión, comenzó el duelo. Tan pronto como Pendleton pronunció «regalo», sonaron dos disparos, como lo confirmaron Van Ness, Pendleton y Hosack. Cuánto tiempo ha pasado entre estos disparos y quién disparó primero es un asunto diferente. Sin embargo, se acordó que Hamilton cayó casi inmediatamente después del gol y la primera reacción de Burr fue acercarse a su antiguo amigo. Incluso Pendleton admitió que cuando vio a Burr acercarse a los caídos, tuvo «una expresión de arrepentimiento». El segundo de Burr, Van Ness, sin embargo, no le permitió llegar a Hamilton. Más bien, los remeros se acercaban. Para mantener esta preciosa negación, Van Ness bloqueó la visión de Burr (y también la ocultó de los remeros) abriendo un paraguas y usándolo como escudo protector.
Van Ness llevó a Burr de vuelta al agua, donde el ganador dijo: «Tengo que ir a hablar con él», pero Van Ness se negó. Tan pronto como el Dr. Hosack Hamilton ha llegado, se dice que el ministro de finanzas dijo antes de desmayarse: «Esta es una herida fatal, doctor». Por su parte, Hosack sospechaba que Hamilton estaría muerto antes de llegar a Manhattan. Eso resultó ser inexacto. Hamilton incluso recuperó la conciencia en el bote y le pidió a un remero que manejara su pistola con cuidado, creyendo que «aún no estaba descargada», lo que sugiere que Hamilton no sabía que había disparado el arma en un duelo. .
Cuando Hamilton llegó a Nueva York, lo llevaron a la casa de James Baynard. Al final resultó que, la bala había penetrado a dos o tres pulgadas de su cadera, atravesó su pecho, atravesó su hígado y finalmente se instaló en la segunda vértebra lumbar de su columna vertebral. Durante las siguientes 30 horas, murió lentamente en la villa de Baynard. Al día siguiente a las 2 p.m., murió con Eliza, sus siete hijos sobrevivientes, su cuñada Angélica y un obispo presente.
